Googleの大量のアラート送信に関しては、紆余曲折ありながら、
Googleというかマット・カッツ氏が公式発表を行いました。
参考：ウェブマスターツール警告文の大量送信についてGoogleが公式見解発表

ここでこの発表と現状の警告状況から少し憶測を書きたいと思います。
なお、ここに書くことは個人の見解ですので施策等に反映される場合には自己責任でお願いをいたします。

Googleは今回
[過去アラート]サイト全体の評価を下げている
[新アラート]リンク単位での評価を無効化している
としています。

ただ、現状これらにやや疑問を持たざるを得ないケースがあります。

過去アラートが出ているものは本当にサイト全体の評価を下げているのか？
過去アラートが出ているケースでは、確かにランクダウンしているものが多く見られます。
ただ一部では、監視しているキーワードのランクに変動は見られず、かつ全体流入も減っていないというパターンが見られます。
また、特定のビッグキーワードだけランクダウンして、全体流入としてはそのキーワード分しか減っていないという、どちらかというと本来「新アラート」で起こりそうなことが起こっているのではないかと勘ぐりたくなるようなものも見られます。
そう考えると、過去のアラートは今回発表があった「過去」と「今回」が混合しているものなのでしょうか・・？

新アラートが出ているものは本当にリンクが無効化されているのか？
マット・カッツ氏は、今回の新アラートはサイト全体ではなく、リンク単位でdistrustしていると解説しています。
アラートが出ている一部のサイトは確かに「そうかも？」と思うような特定ワードのランクダウンが出ているようですが、それらはごく少数な気がします。
ほとんどのサイトはランクダウンが起こっていません。
ただ、これはマット・カッツ氏がレピュテーションマネジメントの項目等でアクションを起こす必要がないアラートのパターンとして紹介しているように、"新アラート＝必ずしもdistrustが起こってランクダウンしている"というわけではなさそうです。

リンクは無効化だけなのか？
文面からの憶測ですが、アンカーが集中しているケースでは、無効化以上にそのアンカーに使われているキーフレーズでのランクを落としてる、もしくはまったく評価しなくなっているように思います。
実際にアラートが出ているかどうかは別として（というかむしろ過去アラートが出ているパターンに多いように見受けられますが）特定キーフレーズだけランクダウンするというケースは多々見られることだと思います。

必ずしもマット・カッツ氏が語っていることと現在サイトに発生している問題が合致していない部分もあるようですが、日本が少し異なるためなのか、それともこれからこの流れになるのか、はたまたそもそもサンプル数が少なすぎてこの私の見解が誤りなのかは定かではありません。
これからより多くのサンプルを集めて分析してみたいと思います。

なお、「パニックになるな」ともマット・カッツ氏はあらためて述べているのですが、
最もパニックになる時というのは、「外したいのにリンクが外せない状況」ではないかと思います。自らがリンクを無効化できるような機能を早くつけて欲しいなと思います。
また、パニックにならないように万一を考えたSEO対策を行ったり、外注しているSEOベンダーに施策について十分に（できればドキュメントを以て）説明を受けるようにしたほうが良いでしょう。
SEOベンダーは当然施策とリスクについて十分説明し、同意を得て施策する必要があります。
SEOにもインフォームド・コンセントが必要ですね。