New notifications about inbound links(Google Webmaster Central Blog；英語)
にて、日本時間の7/28にGoogleが今回のウェブマスターツールへの警告（アラート）大量送信に関して、公式見解を発表しています。
なお、こちらのエントリーはマット・カッツ氏によるものです。

内容をざっくりと訳してみましたが、（英語力に問題があるため誤訳等ありましたら申し訳ありません）

[これまでの警告メッセージ]
・数ヶ月に渡って出していた
・Googleが認めない（スパムと認識する）リンクが張られている
・サイト全体の信頼度を下げている
・長期に渡ってリンクスパムをしていると発生する
等だったとのことです。
「サイト全体の信頼度を下げる」というところがひとつのポイントです。
さらにこのケースでは、スパミーだったり人工的なリンクを可能な限り削除して再審査を依頼するように記載されています。
（その他さらに消せないリンクについての言及等ありますが、それは別の機会にまとめて書きたいと思います。）

[新しい警告メッセージ]
・特定のスパミーだったり人工的なリンクをターゲットとして、それらのリンクに関してのみ信頼度をなくす
・サイトの全体的なランクを落とすものではない
としています。
「サイト全体には影響しない」ということで、リンクを無効化したり特定キーワードのランクだけを下げるようなニュアンスに感じます。
また、新しいメッセージはイエローフラグがついていないというところも再度言及しています。

この新しいメッセージはいくつかのリンクを信頼できないとみなしており、その例に
・ウィジェットベイト
・ペイドリンク
・ブログスパム
・過度のディレクトリ登録
・過度のリンク交換
等が記述されています。
メッセージは注意喚起するものとのことですが、無視しないほうが良いということを言っている一方で、パニックになるなということも言っています。

また、メッセージを受け取ったサイトが問題あるのかないのかについて、マット・カッツ氏が質問に答えた内容を例示しながら説明しています。

例えばウィジェットであれば、リンクアンカーがSEO目的でキーワードになっているようなものは危険であることを指摘しています。
ペイドリンクについては、スパムブログ等の価値の低いリンクについて言及しつつ、
PageRankを渡すことだけを目的とするディレクトリなどはリンクの信頼度を渡していないと言っています。（ただし確認した限りではディレクトリ登録だけしているサイトにメッセージが来たという例はごくわずかなため、日本においてはディレクトリ→注意という構図は現時点で当てはまっていない模様です）
また、長期間に渡ってペイドリンクをしていることが記録されているとメッセージが送信されるとのことです。
特にアンカーテキストがキーワードかどうか？に言及しており、アンカーテキストの集中というところははっきりと危険だと言っています。
またペイドリンクについては、不正なリンクを外して再審査するように言っています。

レピュテーションマネジメントにふれ、アクションを起こす必要がないリンクについても言及しています。
レピュテーションマネジメントとは、企業が「評判」をマネジメントするために、評判の良い記事を検索エンジン上でランクアップさせようとすることです。
ニュースサイトを例に出しある会社にとって有利な記事を、第三者（要するにその会社）がリンク対策をしているケースです。
この場合は、そもそもリンクを無視しているのでアクションする必要がないということです。

で結局メッセージを受け取ったら何をすれば良いのかということですが、
まずはウェブマスターツールから最新のリンクをチェックする必要があります。
「最新のリンクをダウンロードする」からリンクリストをダウンロードしてチェックします。
ここに明らかに不自然ととられるリンクが合った場合は削除して再審査を依頼するようにとのことです。

細かいところはまだまだありますし、間違っているところはあるかもしれませんが、
ざっくりこんな感じだと思います。

スパミーなリンクはリンクを信頼しないようにしたり、無視したりしているということをはっきりと記載しています。
リンクを信頼しない際に、いくつかのフレーズはランクがあがらないかもしれないということを書いてありますので、手動、自動はわかりませんが、この新しい注意メッセージが来ている場合でも、特定キーワードだけはランクが下方修正されている可能性は否定できないのかもしれません。
（すいません。英語に自信がないので間違っていた場合は訂正します）
また下方修正されていなくて、過去突然ランクダウンしたというケースでは、リンクが無効化されているということがやはりあるようですね。

過去の警告メッセージとランクダウン状況、今回のメッセージと過去のランクダウン状況等はまとめてなるべく早くご報告したいと思います。
(CSS Nite LP24でもこのあたり詳しく解説します。もちろんこのGoogleの記事をふまえて・・）

いずれにしても、リンクをチェックして危険なリンクにはきちんと対応しておいたほうがよさそうですね。

※英訳が微妙になってしまっていますので誤りありましたらこっそりFacebookやTwitterのメッセージ等でご指摘いただけるとありがたいです（笑）
あらためて当内容については、きちんとまとめた記事を書かせて頂きたいと思います。